2000年，为解决主板市场退市公司与两个停止交易的法人股市场公司的股份转让问题，由中国证券业协会出面，协调部分证券公司设立了代办股份转让系统，被称之为“三板”。由于在“三板”中挂牌的股票品种少，且多数质量较低，要转到主板上市难度也很大，因此很难吸引投资者，多年被冷落。

为了改变中国资本市场这种柜台交易过于落后的局面，同时也为更多的高科技成长型企业提供股份流动的机会，2006年，中关村科技园区非上市股份公司进入代办转让系统进行股份报价转让，称为“新三板”。随着新三板市场的逐步完善，我国逐步形成由主板、创业板、场外柜台交易网络和产权市场在内的多层次资本市场体系。新三板与老三板最大的不同是配对成交，设置30%幅度，超过此幅度要公开买卖双方信息。

2012年，经国务院批准，决定扩大非上市股份公司股份转让试点，首批扩大试点新增上海张江高新技术产业开发区、武汉东湖新技术产业开发区和天津滨海高新区。

2013年12月31日起股转系统面向全国接收企业挂牌申请。

新三板的成立有以下作用：成为企业融资的平台。新三板的存在，使得高新技术企业的融资不再局限于银行贷款和政府补助，更多的股权投资基金将会因为有了新三板的制度保障而主动投资。能够提高公司治理水平。依照新三板规则，园区公司一旦准备登陆新三板，就必须在专业机构的指导下先进行股权改革，明晰公司的股权结构和高层职责。同时，新三板对挂牌公司的信息披露要求比照上市公司进行设置，很好地促进了企业的规范管理和健康发展，增强了企业的发展后劲。为价值投资提供平台。新三板的存在，使得价值投资成为可能。无论是个人还是机构投资者，投入新三板公司的资金在短期内不可能收回，即便收回，投资回报率也不会太高。因此对新三板公司的投资更适合以价值投资的方式。通过监管降低股权投资风险。新三板制度的确立，使得挂牌公司的股权投融资行为被纳入交易系统，同时受到主办券商的督导和证券业协会的监管，自然比投资者单方力量更能抵御风险，成为私募股权基金退出的新方式。股份报价转让系统的搭建，对于投资新三板挂牌公司的私募股权基金来说，成为一种资本退出的新方式，挂牌企业也因此成为了私募股权基金的另一投资热点。